承擔自然資源專項收入征管和專項資金、基金的管理工作。負責機關和所屬事業單位財務及國有資產監管。負責部門預決算、國庫集中支付以及督促項目經費使用的績效評價。負責開展內部審計工作，對下撥的專項資金使用管理進行檢查指導。管理基本建設及重大專項投資、重大裝備。