（一）擬訂關區出入境動植物、動植物產品和其他應檢物檢驗檢疫的工作制度。

（二）承擔關區出入境動植物、動植物產品、其他應檢物的檢驗檢疫、監督管理工作。

（三）按分工承擔境內外有關動植物疫情、有毒有害物質信息、出入境動植物檢驗檢疫法律法規和技術標準的收集、評議、上報工作。

（四）按分工承擔出入境動植物及其產品檢疫準入風險評估和緊急預防措施工作。

（五）對影響出入境農產品貿易的疫情及其他相關風險因子組織實施風險評估，擬訂關區防止重大動植物疫情和有毒有害物質傳入傳出的緊急預防措施，組織實施動植物、動植物產品及其他應檢物的出入境禁令、解禁令。

（六）按分工承擔關區入境動植物、動植物產品及其他應檢物、過境動物的檢疫審批和監督管理工作。

（七）按分工承擔關區出入境動植物、動植物產品的生產、加工、存放單位（企業）注冊登記、備案管理和場所指定工作。

（八）按分工承擔入境動植物、動植物產品的境外預檢、監裝、產地疫情調查工作，組織實施關區入境動植物的隔離檢疫工作，組織實施外來有害生物和有毒有害物質監測工作。

（九）擬訂關區出入境動植物檢疫除害處理的工作制度并組織開展監督管理。

（十）擬訂關區出入境轉基因生物及其產品、生物物種資源的檢驗檢疫工作制度。

（十一）按分工擬定相關指定監管場地的設施配置標準、驗收程序等管理制度并組織實施。

（十二）協助參與動植物檢驗檢疫國際組織或區域性組織的活動。承擔關區政府間動植物檢疫協定有關條款的實施，承擔關區政府部門間出入境動植物檢驗檢疫協議的相關工作。

（十三）承辦上級交辦的其他工作事項。